而朝廷任命赵锦经略贵州的消息传来了之后，贵州当地的土司对于赵锦还是有一点敬畏的，尤其是安氏，是被赵锦收拾过的，隆庆三年，赵锦担任巡抚贵州都御史时，贵州酉阳司管辖下的母属寨苗族首领寇龙得鲊等人发动叛乱，铜仁守备谢崇爵率兵将其击败，并生擒了寇龙得鲊。

宣慰安氏向来桀骜在苗夷各族中势力强大，难以控制。赵锦宣示朝廷的恩威，使他不敢不服从命令。有反叛的苗民，赵锦就命令安氏就惩处他们，赵锦在贵州还是有相应的威望，所以当朝廷任命赵锦经略贵州的消息传来的时候，贵州的这些土司们还是有些震慑的，尤其是安疆臣，他是被赵锦收拾过的人，对于赵锦的前来，还是有些震慑的。

赵锦虽然还没到任，但是消息传来之后，安疆臣的态度转变是很明显的，之前安疆臣虽然明面上保持中立，但是暗地里和杨应龙眉来眼去的时候，都是已经明牌了，但是当赵锦经略贵州的消息的传来之后，安疆臣又恢复了中立，不跟杨应龙来往了。

杨应龙率兵进逼重庆，在杨应龙的想法中，赵锦虽然已经被任命为经略贵州，但是一时半会儿是不可能赶到的，虽然沐昌祚号称率兵二十四万，但是杨应龙久在西南，朝廷要调集这么庞大的官军和土兵，总归是需要时间的，他只要在官军的赶来之前夺取重庆，他就可以纵横川黔两省了。

所以杨应龙挥兵八万，抵达重庆府，巡抚四川都御史叶梦熊已经先期抵达重庆府，同时传檄石柱土地马氏率兵来援，还有四川都司、四川总兵的援兵抵达重庆，官军在重庆的兵力已经达到四万之数，同时由于重庆临长江、嘉陵江，叶梦熊也调集水师，截断了长江、嘉陵江的水道，和杨应龙对峙。

杨应龙虽然人数不少，但是缺乏攻城器械，尤其是重庆府乃是大明在西南的坚城，环江为池，护壁立千仞，九开八闭的城门布局如同九宫八卦，蜀东要地，形如龟而活泼，颈似鹅以高扬。四面水围，九门壁峭，官军据城严守，杨应龙虽然督促他麾下的土兵进攻，但是面对重庆坚城，只得无功而返。

在路上的赵锦已经向朱载坖上疏，陈述了自己的方略，赵锦认为：“关外且战且受降，贼多。不可胜诛也；关内疾战勿受降，师不宜老，贼诈不可信也。”

同时，从川、滇两个方向进攻，四川方向，由四川镇总兵马孔英督兵四路，副将吴广、参将童元镇、参将曹希彬和石柱土司兵共计十万，先败杨应龙之后，四路出师，从綦江、南川、合江、永宁四路出师，直捣杨应龙巢穴，滇、黔之兵汇合之后，从沙溪、兴隆、乌江